工厂拖欠、扣发工资申请仲裁时，可能存在以下法律风险点：
1. 证据链不完整风险：例如，劳动者仅能提供部分工资条，无法证明完整的工资标准及拖欠/扣发金额，仲裁委员会可能无法全额支持诉求。比如工厂主张已支付部分工资，但劳动者无银行流水证明未收到，导致仲裁结果对劳动者不利。
2. 赔偿金主张不被支持风险：若劳动者未先向劳动监察部门投诉，直接申请仲裁主张赔偿金，仲裁委员会可能因未满足“劳动行政部门责令限期支付”的前提条件，不支持赔偿金诉求。例如，劳动者直接申请仲裁要求支付拖欠工资及50%赔偿金，但未提供劳动监察部门的责令通知，仲裁仅支持工资本金。
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在处理工厂拖欠、扣发工资的仲裁事宜时，需避免以下常见错误操作：
1. 超过仲裁时效申请：劳动争议仲裁时效为一年，若超过该时效且无中断、中止情形，仲裁委员会可能驳回申请，导致无法通过仲裁要回工资。
2. 证据收集不完整：仅口头主张工厂拖欠/扣发工资，未提供劳动合同、工资流水等书面证据，仲裁委员会可能因证据不足不支持诉求。
3. 拒绝配合劳动监察调查：劳动监察部门介入后，若拒绝提供相关证据或不配合调查，可能影响监察部门的处理结果，进而影响仲裁中的赔偿金主张。
若你已出现上述错误操作或担心操作不当，建议及时向专业律师咨询，避免权益受损。
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关于工厂拖欠工资、扣发工资的仲裁及能要回的金额，需结合具体情况确定。
工厂拖欠、扣发工资时，劳动者可通过劳动仲裁主张权益，能要回的金额包括被拖欠/扣发的工资及可能的赔偿金。
1. 若工厂仅存在单纯拖欠工资（无合法理由）：可主张拖欠的全部工资，若劳动行政部门责令后仍逾期不付，可加付50%-100%的赔偿金。
2. 若工厂存在违法扣发工资（如无制度依据、扣发后低于最低工资）：可主张被违法扣发的工资差额，同时适用上述赔偿金规则。
3. 若工厂既拖欠又违法扣发：可同时主张拖欠的工资及扣发的差额，符合条件时一并主张赔偿金。
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工厂拖欠、扣发工资的仲裁处理，可能受以下特殊情况影响：
1. 工厂破产清算：若工厂因经营不善进入破产程序，拖欠/扣发的工资将作为破产债权参与分配，若破产财产不足以清偿全部债权，劳动者可能无法全额要回工资。例如，工厂破产后仅剩余少量资产，需优先支付破产费用、职工工资等，但按比例分配后，劳动者可能只能拿到部分工资。
2. 劳动者自身存在违纪行为：若工厂能证明扣发工资是因劳动者严重违反规章制度（如旷工、给工厂造成重大损失），且规章制度已依法公示，仲裁委员会可能不支持劳动者要求返还扣发工资的诉求。例如，劳动者连续旷工10天，工厂按制度扣发当月工资，若制度合法有效，仲裁将支持工厂的扣发行为。
3. 双方存在工资支付争议：若工厂主张已通过现金形式支付工资，但劳动者否认，且无书面签收记录，仲裁委员会可能因事实不清难以支持劳动者的诉求。例如，工厂称已现金支付工资，但无劳动者签字的工资条，劳动者主张未收到，仲裁可能无法认定拖欠事实。

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